Knihovna VHÚ prošla za dobu své existence několika organizačními proměnami. Za její předchůdkyně se dají považovat tři instituce, které vznikly v prvním a druhém desetiletí 20. století.

První institucí byl Archiv národního osvobození, který byl zřízen v roce 1919 při Zemském archivu. V říjnu téhož roku byl zřízen ministerstvem obrany Památník odboje, ve kterém se měly shromažďovat materiály a dokumenty, které s sebou přiváželi vracející se českoslovenští legionáři. obrázek Práce Archivu národního osvobození a Památníku odboje byla v podstatě shodná a duplikovala se, proto byl předložen návrh na rozdělení úloh jednotlivých institucí. V roce 1924 byl založen Vojenský archiv Republiky československé (RČS), který vznikl ze zaniklého archivu tehdejšího ministerstva obrany. Ve stejném roce bylo založeno Vojenské muzeum, jehož vybudování bylo již v roce 1920 svěřeno Vědeckému ústavu vojenskému. V roce 1926 došlo k odloučení Vojenského muzea od Vědeckého ústavu vojenského a následně k jeho přičlenění k Vojenskému archivu RČS. V roce 1926 tedy existovaly tři instituce s velmi podobným zaměřením a úkoly. 28. října 1929 byly všechny tři instituce sloučeny v jednu – v Památník osvobození, který vznikl na vrchu Vítkov a zahrnoval dvě budovy: na úpatí byla vystavěna účelová budova, na vrcholu budova Mauzolea a Pantheonu s monumentální sochou Jana Žižky z Trocnova (socha byla osazena až po 2. světové válce). V roce 1929 byly knihovna Archivu národního osvobození a knihovna Památníku odboje sloučeny do jedné instituce, ale obě knihovny ještě pracovaly odděleně.

9. září 1939 byl Památník osvobození na rozkaz říšského protektora německou tajnou policií uzavřen a zapečetěn. O zaměstnance ústavu – vojáky i civilisty - se z větší části postaralo ministerstvo školství, které jim zajistilo nová působiště. V době protektorátu se ze sbírek knih Památníku osvobození a z dokumentů svezených sem ze rušených českých útvarů a ústavů stala pražská pobočka berlínské Heeresbücherei.
obrázek

S poválečnou obnovou ústavu bylo současně započato i s rekonstrukcí obou knihoven. Práce spojená se shromažďováním rozptýlených sbírek včetně nábytku, vyžadovala značnou námahu i čas, stejně tak jako zajišťování stavu a úplnosti navrácených fondů, které bylo značně ztíženo neúplností evidenčních záznamů. U knihovny Vojenského historického muzea byla práce navíc komplikována ztrátou přírůstkových seznamů. Ale již v roce 1946 začala knihovna plnit své základní úkoly.

V roce 1945 byl na základech Památníku osvobození založen Vojenský historický ústav, který převzal knihovní sbírky do své správy a dále je rozšiřoval. V roce 1965 došlo ke sloučení knihovny VHÚ a knihovny Vojenského historického muzea. V poválečném období směřovala do fondů knihovny VHÚ i část dokumentů ze svozů ze rušených zámeckých knihoven. V roce 1969 byla ke knihovně VHÚ přidružena knihovna Vojenské politické akademie Klementa Gottwalda, ke sloučení obou fondů došlo v roce 1975.

Po roce 1989 začala knihovna s rekonstrukcí svého fondu systematickým doplňováním a profilováním, které bylo jednak opomíjeno, jednak část fondu byla zahrnuta do tzv. prohibit (jednalo se především o literaturu legionářskou, o literaturu o prvním a druhém odboji a západním odboji). Fond je neustále doplňován a to jak literaturou domácí, tak zahraniční.