VHÚ Praha je vojenským zařízením spadajícím pod Ministerstvo obrany ČR. Organizačně je VHÚ Praha tvořen ředitelstvím a třemi specializovanými odbory: muzejním odborem s několika odděleními (sbírkových fondů, správy muzejních sbírek, restaurátorským oddělením a oddělením komunikace s veřejností), historicko-dokumentačním odborem, pod nějž spadá i oddělení vzdělávání a vojenské historické knihovny a dále provozně-ekonomický odbor. Vědeckovýzkumná činnost je zaměřena především na problematiku I., II. a III. odboje a zpracovávání personálií předních vojenských osobností. Dlouhodobě je zkoumáno české a československé vojenství, zejména 20. století.

Jedná se vědeckovýzkumné, muzejní a knihovní zařízení Ministerstva obrany ČR. Jeho posláním je, ve smyslu platných legislativních norem, soustavně a cílevědomě shromažďovat písemné a hmotné památky k dějinám našeho vojenství a armády, odborně o tyto fondy a sbírky pečovat, vědecky je zkoumat a zpracovávat. Výsledky této práce prezentuje VHÚ Praha jednak v muzejní a výstavní činnosti, dále v archivní a knihovní službě, na vědeckých konferencích a seminářích, v knižních a časopiseckých publikacích a v dalším servisu vojenským útvarům, ústavům a zařízením a ve službách veřejnosti.

Nedílnou součástí VHÚ Praha jsou muzea a výstavní prostory. Jsou to Armádní muzeum Žižkov, Letecké muzeum Kbely, Vojenské technické muzeum Lešany a další externí výstavní prostory.

Mezinárodní styky

Vojenskou historii reprezentuje v zahraničí Česká komise pro vojenské dějiny, která je členem Mezinárodního komitétu pro vojenské dějiny (CIHM). VHÚ Praha je současně členem v komisích Mezinárodního výboru muzeí (ICOM) a Mezinárodní asociace muzeí zbraní a vojenské historie (IAMAM) při UNESCO.