Na území Československa zůstalo po skončení druhé světové války velké množství draků a částí německých stíhacích letounů Messerschmitt Bf 109 verzí G a K. Bylo rozhodnuto tyto stroje zkompletovat a využít je pro nově budované československé vojenské letectvo.
Hlavním dodavatelem rekonstruovaných „stodevítek“ byla továrna Avia. Vzhledem k nedostatku původních motorů Daimler-Benz DB 605 bylo rozhodnuto adaptovat drak Bf 109 pro motor Jumo 211 (čs. označení M-211). Práce na úpravě byly v Avii zahájeny na podzim roku 1946. První S-199 vzlétl 25. dubna 1947 a od února 1948 začala vojenská správa přebírat sériové letouny.
Některé zvláštní letové vlastnosti S-199 si vynutily stavbu dvoumístné varianty určené k přeškolování pilotů na tento typ. Úpravami cvičných Bf 109 G-12 a trupů jednomístných letounů vznikla verze označovaná jako CS-199.
V letech 1947 až 1951 bylo postaveno 450 kusů jednomístných S-199 a 82 dvoumístných CS-199. Avie S-199 se staly standardními stíhacími letouny československého letectva až do první poloviny 50. let. Poslední z nich dosloužily v roce 1957. Přibližně třicet strojů sloužilo u Bezpečnostního letectva. V roce 1948 bylo 24 kusů S-199 exportováno do Izraele, kde sloužily pod bojovým jménem Sakin (nůž) u 101. a 105. perutě izraelského letectva.