Muzejní činnosti Vojenského historického ústavu Praha zajišťují tři hlavní muzejní složky:
Armádní muzeum Žižkov – vzhledem k rekonstrukci budovy je Armádní muzeum Žižkov pro veřejnost dlouhodobě uzavřeno.
Letecké muzeum Kbely – expozice věnovaná dějinám letectví s důrazem na československé a české vojenské letecké síly.
Vojenské technické muzeum Lešany – expozice věnovaná pozemní technice především domácí, ale i zahraniční provenience.
Národní památník hrdinů heydrichiády – umístěný v chrámu sv. Cyrila a Metoděje v Praze, připomínající boj čs. parašutistů za 2. světové války.
Muzeum Hradní stráže umístěné v Prašné věži Mihulka na Pražském hradě.